В фондах галереи хранится большое собрание произведений призёров, лауреатов и победителей Международных Биеннале графики стран Балтийского моря. По условиям конкурса призовые работы передаются в музей. За два десятилетия истории конкурса сформировалась уникальная коллекция, в которой представлено современное искусство российских и зарубежных художников-графиков. Сегодня в этот фонд входит более 1000 единиц хранения оригинальной графики высокого профессионального уровня. В составе коллекции самые разнообразные экспонаты: от строго традиционной гравюры до компьютерной графики, от камерного офорта до трёхметровых композиций, выполненных в авторской технике, от небольших бумажных объектов до шелкографий. Эти произведения в совокупности представляют весь спектр современных техник создания графических работ, наглядно демонстрируя разнообразные эксперименты с материалами.
Основную часть коллекции биеннальской графики составляют работы российских художников, в том числе калининградских. Мастера зарубежных школ представлены чуть менее ярко, поскольку изначально Калининградская Биеннале графики имела статус всероссийской. Став в 1996 году международной, она вошла в разряд ведущих европейских конкурсных площадок. С этого момента зарубежные мастера графики тоже становились лауреатами и призёрами, и их лучшие произведения пополнили фонды музея. Обладателями Гран-при Биеннале в разные годы становились самые яркие художники, среди них П. Маков, Н. Синева, В. Наседкин, А. Будаев, Ю. Карьялайнен, П. Аллик, М. Нисподзивана, П. Лиепа.
Собрание в целом знакомит с основными направлениями и тенденциями в развитии современного графического искусства. Эти произведения наиболее полно характеризуют эпоху рубежа тысячелетий, отражая и те коренные изменения в сознании человечества, которые произошли за последние двадцать лет. В этот период были потеряны ценностные ориентиры, разрушались традиционные формы межличностных отношений, людей поглощало тотальное одиночество, не оставляющее места для надежды. Результатом стали пресловутые поиски смысла, которые неизбежно становятся доминантой в европейской художественной культуре в периоды духовного упадка. На первый план выходит человек, но не формально, а в скрытом виде — он «выплёскивается» из каждого произведения эмоциональным надрывом, диспропорцией, изломанностью, зачастую агрессивностью изображения. И даже любовь к крупному формату в станковой графике последних двух десятилетий нужно расценивать как неистовое желание быть услышанным, громче и ярче выразить свои мысли и заставить зрителя задуматься о многом...