Графическое собрание музея включает в себя все многообразие традиционных, современных и авторских техник и стилей. Этот вид искусства отражает изменения социально-культурной ситуации, важнейшие тенденции времени и новейшие достижения в области искусства.
Коллекция современной графики художников России и стран Балтийского моря сложилась в 1990 году благодаря проекту «Биеннале станковой графики Калининград – Кёнигсберг». Тогда мы, будучи еще Калининградской художественной галереей, искали новые способы комплектования своих фондов и популяризации изобразительного искусства как активной масштабной деятельности. По условиям конкурса призовые работы передавались в музей.
Сегодня в фондовое собрание входит более 1000 графических работ высокого профессионального уровня. В коллекции самые разнообразные экспонаты: от строго традиционной гравюры до компьютерной графики, от камерного офорта до трёхметровых композиций, выполненных в авторской технике, от небольших бумажных объектов до шелкографий. Эти произведения в совокупности представляют весь спектр современных техник создания графических работ, наглядно демонстрируя разнообразные эксперименты с материалами.
Основную часть коллекции графики стран Балтийского моря составляют работы российских художников, в том числе калининградских, а также мастера зарубежных школ. Обладателями Гран-при Биеннале в разные годы становились самые яркие художники, среди них П. Маков, Н. Синева, В. Наседкин, А. Будаев, Ю. Карьялайнен, П. Аллик, М. Нисподзивана, П. Лиепа.
